本發(fā)明屬于生物，具體涉及黃精屬植物的dna條形碼。具體為用于鑒定大別山黃精的dna條形碼。

背景技術：

1、大別山黃精(polygonatum?dabieshanensis?b.x.han,s.y.yi?&?x.w.song)主產(chǎn)安徽省、河南省大別山區(qū)一帶，是最近鑒定出來的黃精屬新種。生于林緣、林下，海拔150-1100m。此種與玉竹（polygonatum?odoratum?(mill.)?druce）類似，區(qū)別在于玉竹根狀莖常白色、0.5-1.0cm，而本種根狀莖常黃色，1.0-2.0cm；玉竹地上莖有棱，葉長橢圓形，而本種地上莖圓形，葉卵圓形；玉竹總狀花序具1-5朵花，而本種總狀花序具1-3朵花；玉竹花被片白綠色，而本種花被片綠白色。雖然二者具有一些表型區(qū)別，但由于二者生境重疊，受環(huán)境影響，表型常有趨同，且在大別山區(qū)常混做玉竹藥用，即便是專業(yè)人員仍難以通過表型明確鑒定。另外，該地區(qū)同時分布其他黃精屬物種有多花黃精、早花黃精、金寨黃精、湖北黃精，其中有些表型亦與大別山黃精接近，影響大別山黃精的鑒別。

技術實現(xiàn)思路

1、本發(fā)明主要針對上述技術問題，提供一種簡便的分子標記的方法，實現(xiàn)大別山黃精的鑒定。具體提供一種鑒定大別山黃精的dna條形碼及其應用。

2、具體地，本發(fā)明提供如下技術方案：

3、第一方面，本發(fā)明提供一種大別山黃精的dna條形碼分子標記，所述dna條形碼的序列如seq?id?no.1~seq?id?no.3所示。

4、本發(fā)明利用高通量測序的方法，從大別山黃精全基因組序列中組裝出contigs序列，并與ncbi上已發(fā)表的黃精屬屬物種進行序列比對，發(fā)現(xiàn)有3段序列包含多個變異位點，適合作為鑒定大別山黃精的dna條形碼。

5、另一方面，本發(fā)明的另一目的在于提供上述dna條形碼在的以下任一應用：

6、(1)在鑒定大別山黃精中的應用；

7、(2)在黃精屬種質(zhì)資源鑒定、改良或分子標記輔助育種中的應用；

8、(3)在黃精屬雜交育種的篩選或創(chuàng)制不同黃精品種中的應用；

9、(4)在黃精屬的dna指紋數(shù)據(jù)庫中的應用；

10、(5)在黃精屬的種苗質(zhì)量檢測中的應用。

11、另一方面，本發(fā)明提供鑒定大別山黃精的方法，包括：

12、(1)提取待鑒定植物的dna；

13、(2)?對上述總dna進行高通量測序，獲得測序reads；

14、(3)?將步驟2）所述reads比對到權(quán)利要求1所述分子標記上；

15、(4)?根據(jù)測序reads在dna分子標記上的覆蓋情況判斷待測樣品的物種，如能夠完全覆蓋seq?id?no:1、seq?id?no:2和/或seqid?no:3任一條序列，且可生成與seq?id?no:1、seq?id?no:2和/或seqid?no:3任一條序列完全一致的一致性序列，即判斷待測樣品的物種包含大別山黃精。

16、優(yōu)選地，步驟2）中所述高通量測序為二代測序或三代測序。

17、優(yōu)選地，步驟3）中使用geneious、bowtie、tophat、bwa或hisat任一款軟件進行reads比對。

18、另一方面，本發(fā)明提供鑒定大別山黃精的另一種方法，包括：

19、(1)提取待鑒定植物的dna；

20、(2)?對上述總dna進行高通量測序，獲得測序reads；

21、(3)?將步驟2）所述reads比對到前述dna條形碼上，對能夠比對上的reads組裝成contigs；

22、(4)?將組裝的contigs與前述dna條形碼進行多序列比對，如組裝的contigs有一條與seq?id?no:1、seq?id?no:2和/或seqid?no:3任一條序列一致，則判斷待測樣品包含大別山黃精。

23、優(yōu)選地，步驟2）中所述高通量測序為二代測序或三代測序。

24、優(yōu)選地，步驟3）中使用geneious、bowtie、tophat、bwa或hisat任一款軟件進行reads比對。

25、優(yōu)選地，步驟4）中組裝的contigs有3條分別于seq?id?no:1、seq?id?no:2和seqidno:3序列一致，則判斷待測樣品包含大別山黃精。

26、優(yōu)選地，前述方法中如果待測樣品為單個樣品，則直接判斷待測樣品為大別山黃精。

27、采用本發(fā)明的單一dna條形碼分子標記就能夠有效區(qū)分待測品種是否為大別山黃精，為大別山黃精的鑒定、種植、資源利用和育種提供保證。也對于黃精屬物種分類、系統(tǒng)發(fā)育、系統(tǒng)地理學研究，以及保護和利用黃精屬資源等方面都具有重要意義。

技術特征：

1.一種用于鑒定大別山黃精的dna條形碼，其特征在于，所述dna條形碼的序列如seqid?no.1~seq?id?no.3任一條序列所示。

2.用于擴增權(quán)利要求1所述的dna條形碼的引物。

3.權(quán)利要求1所述的dna條形碼或權(quán)利要求2所述的引物的以下任一應用：

4.鑒定大別山黃精的方法，其特征在于，包括：

5.如權(quán)利要求4所述的方法，其特征在于，步驟2）中所述高通量測序為二代測序或三代測序。

6.如權(quán)利要求4所述的方法，其特征在于，步驟3）中使用geneious、bowtie、tophat、bwa或hisat任一款軟件進行reads比對。

技術總結(jié)
本發(fā)明涉及分子標記技術領域，具體涉及大別山黃精的DNA條形碼及其應用。本發(fā)明的DNA條形碼如SEQ?ID?NO.1~3所示。采用該DNA條形碼可以鑒定大別山黃精，具體包括：對樣品提取總DNA后進行高通量測序，將測序reads比對到所述分子標記，如能夠完全覆蓋所述分子標記，即判斷待測樣品的物種是對應的物種。

技術研發(fā)人員：宋向文,易善勇,徐濤,王景,王威,韓邦興,蔡學飛
受保護的技術使用者：皖西學院
技術研發(fā)日：
技術公布日：2025/5/8